اصالت خانه متعلق به شيخ بهايي در حالي از طرف مسوولان سازمان ميراث فرهنگي رد مي شود که شهرداري اصفهان قصد خريد آن را در صورت موافقت مالکان دارد. شهرداري اصفهان معتقد است تمام مستندات تاريخي موجود اصالت خانه شيخ بهايي را تاييد مي کنند، اما سازمان ميراث فرهنگي از نبود هر گونه مستندات تاريخي در اين باره خبر مي دهد. با وجودي که طبق مستندات موجود و نظر تعدادي از کارشناسان سازمان ميراث فرهنگي اين بنا خانه شيخ بهايي است، اما مشخص نيست چرا مسوولان عاليرتبه اين سازمان همچنان مستندات موجود را کافي نمي دانند و اصرار بر اين دارند که هيچ سندي موجود نيست. شهردار اصفهان در گفت وگو با مهر با تاکيد بر اينکه تمام مستندات تاريخي موجود اصالت خانه شيخ بهايي را تاييد مي کند، گفت؛ خانه شيخ بهايي در سال 75 در فهرست آثار ملي به ثبت رسيده و هم اکنون در تملک خانواده جلالي است که از سال 73 اين خانه را خريداري کرده و طي اين مدت مرمت و نگهداري اين خانه را برعهده گرفته اند. سيدمرتضي سقائيان نژاد در رابطه با خريد اين خانه تاريخي توسط شهرداري گفت؛ با توجه به اخبار منتشرشده طي روزهاي گذشته چنانچه مالک خانه شيخ بهايي امکان نگهداري اين اثر تاريخي را ندارد ما حتماً براي خريد اين خانه ارزشمند با آنها وارد مذاکره مي شويم اما تا زماني که مالک اين خانه تاريخي نسبت به حفظ و نگهداري آن ابراز ناتواني نکرده ما خانه را خريداري نمي کنيم. اين در حالي است که مالک خانه تاريخي شيخ بهايي چندي پيش عنوان کرده بود به دليل بي توجهي و همکاري نکردن مسوولان سازمان ميراث فرهنگي در مرمت، حفاظت و نگهداري اين بناي تاريخي قصد فروش آن را دارد. سقائيان نژاد با اشاره به اينکه خانه هاي تاريخي زيادي را هم اکنون در اختيار داريم، تاکيد کرد؛ سياست ما اين است که تا جايي که امکان دارد خانه تاريخي توسط مالکان نگهداري شود و در رابطه با خانه تاريخي شيخ بهايي نيز با سازمان ميراث فرهنگي صحبت مي کنيم که اگر مشکل مالک اين خانه با کمک ما برطرف مي شود مي توانيم پس از هماهنگي هاي لازم با سازمان ميراث فرهنگي به آنها کمک کنيم. در حالي که مسوولان سازمان ميراث فرهنگي طي روزهاي گذشته نسبت به اصالت خانه تاريخي شيخ بهايي ابراز ترديد کرده و عنوان کرده بودند مدرکي دال بر انتساب اين خانه به شيخ بهايي وجود ندارد، سقائيان نژاد در مورد اصالت تاريخي خانه شيخ بهايي معتقد است اسناد تاريخي موجود همگي اصالت تاريخي خانه شيخ بهايي را تاييد مي کنند و بنا بر تحقيقات صورت گرفته اين خانه متعلق به عمه شاه عباس بوده که به شيخ بهايي اعطا شده و اين موضوع خود سند بزرگي است براي اينکه اصالت تاريخي اين اثر ارزشمند را تاييد کند. شهردار اصفهان گفت؛ همچنين با توجه به اينکه اين خانه در منطقه سلجوقي قرار گرفته و از خانه به حمام شيخ بهايي نيز راهي زيرزميني وجود دارد بنابراين اين موارد نيز مي تواند دليلي ديگر براي اصالت خانه تاريخي شيخ باشد. شهردار اصفهان با عنوان اينکه هر اثري که از 400 سال قبل در اصفهان داريم به شيخ بهايي برمي گردد به همين دليل به دنبال اين هستيم که رشته صفوي شناسي را در دانشگاه هاي شهرمان ايجاد کنيم، گفت؛ يکي از موضوعاتي که در اين زمينه وجود دارد بحث احيا و حفاظت از آثار و بناهاي تاريخي است که خانه شيخ بهايي نيز يکي از اين موارد است. پيشنهاد خريد خانه شيخ بهايي از طرف شهرداري اصفهان نشان از وجود مستندات کافي بر اصالت اين خانه است، اما با اين وجود مسوولان سازمان ميراث فرهنگي همچنان مطالب مطرح شده از سوي کارشناسان را کذب عنوان مي کنند. از سوي ديگر دادستان کل کشور اوايل دي ماه خواستار رسيدگي به فروش خانه شيخ بهايي شد که تاکنون از طرف مسوولان سازمان ميراث فرهنگي هيچ اقدامي نيز در اين باره صورت نگرفته است